Trước đó, Cục Hải quan TP.HCM nhận được nhiều phản ánh vướng mắc liên quan đến nộp thuế. Cụ thể, các ngân hàng thương mại phàn nàn thường xuyên không truy vấn được thông tin nợ thuế của tờ khai mà phải nhập liệu thủ công, ảnh hưởng đến thời gian thông quan. Doanh nghiệp nộp thuế qua ngân hàng, ngân hàng gửi dữ liệu đã nộp thuế cho kho bạc bình thường nhưng gửi cho hải quan thì lúc được lúc không nên ngân hàng lại phải phát hành chứng từ giấy cho doanh nghiệp cầm đến hải quan.
Trong hướng dẫn, Tổng cục Hải quan lại cho rằng thông tin nộp tiền thiếu các chi tiết về sắc thuế, thông tin không phù hợp nên không thể chuyển thông tin cho hải quan.