Nguyên do, qua điều tra cho thấy nguồn nước ngầm ở khu vực này bị ô nhiễm vi sinh như E. coli (bệnh truyền nhiễm lây qua đường phân), Coliform nặng, vượt hàng chục ngàn lần so với quy chuẩn cho phép. Ngoài ra, kết quả khảo sát cũng cho thấy 50% mẫu nước có hàm lượng clorua vượt quy định 1-7 lần, hàm lượng kim loại nặng cũng vượt chuẩn… Hàm lượng chất dinh dưỡng trong nước mưa chảy tràn tại bãi nguyên liệu của Công ty Sao Mai Anh vượt đến 21 lần, hàm lượng sắt vượt chuẩn gần… 82 lần.
Sở TN&MT khẳng định chất lượng nước ngầm ở thôn này bị suy giảm nặng về chất lượng, biểu hiện rõ nhất là ô nhiễm vi sinh, các chất hữu cơ trong nước rất cao.
Cũng theo Sở TN&MT, hiện có rất nhiều nguồn thải lớn gây ô nhiễm cho thôn như nghĩa địa Ninh An (rộng hơn 20 ha), bãi rác Hòn Rọ (nơi tập kết rác thải của cả thị xã Ninh Hòa), bãi chứa nguyên liệu bã mía của Công ty Sao Mai Anh, xưởng chế biến hạt điều, trạm trộn bê tông cùng nhiều cơ sở khác. Ngoài ra, nhà máy xử lý chất thải rắn và công nghiệp của Công ty Cổ phần Môi trường Khánh Hòa chuẩn bị hoạt động. “Sự tích tụ lâu dài của các chất hữu cơ từ việc trồng trọt, chăn nuôi, nước rỉ từ bãi rác Hòn Rọ, nước rỉ của các huyệt mộ trong nghĩa trang Ninh An… là nguyên nhân chính gây ra sự ô nhiễm của nguồn nước khu vực ngầm cho khu vực này” - ông Thái nói.
Theo ông Nguyễn Quốc Chí, Chủ tịch UBND xã Ninh An, hiện vẫn còn một lượng lớn trong hơn 2.700 người ở thôn Ninh Ích vẫn phải sử dụng nguồn nước ngầm tự khai thác trong sinh hoạt hằng ngày.
Kết quả khảo sát cho thấy người dân khu vực có ý thức bảo vệ môi trường tốt. Họ gom hầu hết rác thải sinh hoạt, kể cả khu vực gần nghĩa trang để xử lý hoặc giao cho nhà máy xử lý. Vì vậy trước việc các cơ sở ở khu vực gây ô nhiễm, người dân thôn này nhiều lần tập trung phản ứng gay gắt.