Thông tư số 39/2018/NĐ-CP gồm năm điều và năm phụ lục có nhiều nội dung mới được xây dựng dựa trên việc nghiên cứu áp dụng các biện pháp tạo thuận lợi thương mại, cũng như để phù hợp với sự thay đổi của tập quán thương mại quốc tế.
Đáp ứng các yêu cầu quản lý hải quan cũng như xử lý các vướng mắc, bất cập khi thực hiện Thông tư số 38/2015/TT-BTC.
Các quy định mới bao gồm: Quy định mới liên quan đến hồ sơ hải quan; quy định mới liên quan đến khai hải quan; khai bổ sung, hủy tờ khai hải quan, khai thay đổi mục đích sử dụng; đăng ký, phân luồng tờ khai và xử lý tờ khai hải quan; quản lý, giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; quản lý hàng hóa gia công, sản xuất xuất khẩu, hàng hóa của doanh nghiệp chế xuất.
