Dự thảo này cơ bản vẫn được giữ các nội dung như quy định hiện hành tại Thông tư số 196/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính và thay đổi một số nội dung về tổ chức thu, nộp cho phù hợp với Luật Phí và lệ phí mới được thông qua.
Theo đó, các mức thu phí dự kiến vẫn được giữ nguyên và tính theo trọng tải cất cánh tối đa. Cụ thể, đối với chuyến bay thường lệ có cự ly bay qua vùng trời Việt Nam dưới 500 km, mức thu từ 115 USD/chuyến bay đến 480 USD/chuyến bay; từ 500 km trở lên có mức thu từ 129 USD/chuyến bay đến 520 USD/chuyến bay.
Đối với chuyến bay qua vùng trời Việt Nam và vùng thông báo bay do Việt Nam quản lý, mức thu tương ứng 61 USD/chuyến bay đến 253 USD/chuyến bay và 68 USD/chuyến bay đến 274 USD/chuyến bay.
Đối với chuyến bay không thường lệ, mức phí bằng 120% mức thu phí nói trên.
Các chuyến bay bay qua vùng trời Việt Nam không vì mục đích thương mại dự kiến sẽ được miễn phí gồm: Chuyến bay chuyên cơ; chuyến bay công vụ; chuyến bay tìm kiếm cứu nạn, vận chuyển hàng viện trợ nhân đạo, cứu trợ lũ lụt, thiên tai và làm nhiệm vụ nhân đạo khác.
Phí bay qua vùng trời Việt Nam là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước, là đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng. Tổng Công ty Quản lý bay Việt Nam có trách nhiệm thu phí, nộp 100% vào ngân sách trung ương.
Chuyến bay qua vùng trời Việt Nam và vùng thông báo bay do Việt Nam quản lý, mức thu tương ứng 61-253 USD/chuyến bay đối với cự ly bay dưới 500 km.
Đồng thời, trách nhiệm của Tổng Công ty Quản lý bay Việt Nam là hằng tháng, trong vòng 20 ngày đầu của tháng tiếp theo, phải kê khai với cơ quan thuế nơi đóng trụ sở chính và nộp vào ngân sách trung ương số tiền phí bay qua vùng trời Việt Nam đã thực thu được của tháng trước liền kề, thay vì đã thực thu được trong tháng.
Việc quyết toán nguồn thu phí bay qua vùng trời Việt Nam tại dự thảo này được Bộ Tài chính quy định do Tổng Công ty Quản lý bay Việt Nam thực hiện kê khai, nộp, báo cáo quyết toán phí bay qua vùng trời theo quy định tại nghị định của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Phí và lệ phí, thay cho Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn. Thông tư dự kiến có hiệu lực thi hành từ năm 2017.
