Theo đó, từ ngày 1-7, việc NCKH trong nội thủy, lãnh hải Việt Nam phải được sự cho phép của cơ quan nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam. Tổ chức, cá nhân nước ngoài tiến hành NCKH trong vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa Việt Nam phải được sự chấp thuận của cơ quan nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam.
Nghị định cũng quy định các trường hợp từ chối cấp phép, trong đó có hoạt động NCKH không vì mục đích hòa bình; làm phương hại đến chủ quyền, quyền chủ quyền, quyền tài phán quốc gia của Việt Nam; có sử dụng vật liệu nổ, hóa chất độc; hoạt động nghiên cứu có xây dựng đảo nhân tạo, công trình trên biển. Tổ chức, cá nhân nước ngoài NCKH có khoan ở đáy biển, lòng đất dưới đáy biển không hợp tác NCKH với phía Việt Nam khi Việt Nam có yêu cầu… cũng bị từ chối cấp phép.
