Khoảng 7 giờ 20 ngày 3-9, tàu SE3 chạy hướng Bắc-Nam vừa rời ga Ngân Sơn (Bố Trạch, Quảng Bình) khoảng 2 km thì tông phải máy xúc đang băng qua đường ngang dân sinh.
Cú đâm mạnh khiến đầu máy 943 bị đổ, ba toa xe sát đầu máy bị trật bánh; máy xúc bị hư hỏng. Toàn bộ hành khách đi trên đoàn tàu SE3 đều an toàn. Tai nạn cũng khiến tài xế lái máy xúc bị thương, được đưa đi BV đa khoa huyện Bố Trạch.
Đầu máy tàu SE3 bị lật hoàn toàn sau va chạm. Lực lượng chức năng sử dụng xe cẩu để di chuyển đầu tàu ra khỏi đường ray để sớm thông tuyến đường sắt Bắc-Nam.
Ngay sau khi vụ tai nạn xảy ra, lãnh đạo Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam đã trực tiếp có mặt tại hiện trường chỉ đạo các đơn vị trong khu vực khẩn trương phối hợp với các đơn vị chức năng của địa phương điều động nhân lực, phương tiện, thiết bị cứu nạn, cứu hộ đến hiện trường để giải quyết khắc phục hậu quả vụ tai nạn, phấn đấu thông đường trong thời gian sớm nhất.
Toàn bộ 94 hành khách trên tàu SE3 được Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam bố trí ô tô chuyển về đến ga Đồng Hới an toàn để tiếp tục hành trình.
Xe cẩu đang khẩn trương cẩu các toa tàu bị nạn nằm trên đường ray ra ngoài để sớm thông tuyến đường sắt Bắc-Nam.
Nguyên nhân ban đầu được xác định do lái xe máy xúc thiếu chú ý quan sát khi đi qua đường sắt, cố tình cho xe vượt qua lối đi tự mở đã được rào thu hẹp. Hiện Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam đang phối hợp với các cơ quan chức năng và chính quyền địa phương để làm rõ vụ việc.