Theo Chủ nhiệm Phan Xuân Dũng, về chủ quyền quốc gia về không gian mạng, có hai ý kiến khác nhau về vấn đề này. Cụ thể, loại ý kiến thứ nhất cho rằng xác định chủ quyền quốc gia trên không gian mạng là vấn đề rất khó và phức tạp, đặc biệt trong bối cảnh quốc tế có nhiều biến động khó lường trên nền khoa học và công nghệ (KHCN) phát triển ở mức cao, nhanh như vũ bão hiện nay.
Do đó, Luật nên ban hành trước các quy định về biện pháp tự vệ sẵn sàng thực thi trong tình huống xảy ra những nguy hiểm đến an ninh quốc gia. Ví dụ, quy định trong trường hợp đặc biệt cần đóng hoàn toàn hoặc hạn chế các cổng kết nối quốc tế nhằm ngăn chặn các truy cập từ phía ngoài vào bên trong các hệ thống thuộc địa phận Việt Nam.
Trong khi đó, loại ý kiến thứ hai cho rằng không nên đưa vấn đề chủ quyền không gian mạng vào dự thảo Luật.
Ủy ban KHCN&MT tán thành với ý kiến thứ hai về việc không quy định chủ quyền quốc gia về không gian mạng trong dự thảo Luật vì kinh nghiệm xây dựng pháp luật tại những nước tiên tiến trên thế giới mà đã được tham khảo cũng chưa có quốc gia nào thực hiện tuyên bố chủ quyền trên không gian mạng.
Chủ nhiệm Phan Xuân Dũng cũng cho rằng hiện nay, có rất nhiều quốc gia đã ban hành một đạo luật riêng về bảo vệ dữ liệu cá nhân như : Pháp, Ý, Hà Lan, Nhật Bản, Singapore, Ấn Độ, Hàn Quốc… Vì vậy, Ủy ban KHCN&MT cho rằng quy định về bảo vệ thông tin cá nhân trên mạng phải là một nội dung cơ bản, quan trọng trong Luật này. Nhưng quy định trong dự thảo Luật có dung lượng và nội hàm còn nhiều hạn chế. Dự thảo cũng chưa chỉ ra được những hành vi bị nghiêm cấm trong việc thu thập, sử dụng thông tin cá nhân cũng như chế tài xử lý đối với các hành vi vi phạm trong lĩnh vực này.
Hơn nữa, theo các quy định liên quan trong dự thảo Luật thì có thể hiểu các quy định này chỉ tập trung vào việc bảo vệ các thông tin cá nhân trên mạng được nắm giữ và xử lý bởi các tổ chức, cá nhân với mục đích thương mại, kinh doanh. Còn đối với việc thu thập, sử dụng thông tin cá nhân nhằm các mục đích khác hoặc do các cơ quan nhà nước nắm giữ, xử lý lại chưa rõ cơ chế bảo vệ như thế nào.
Ngoài ra, hiện nay, các dịch vụ OTT (over the top) như Viber, skype, wechat, facetime... rất phát triển. Nguy cơ mất an toàn thông tin qua các dịch vụ OTT là rất cao nhưng dự thảo Luật lại chưa có quy định rõ về các vấn đề này.
