Một trong những nội dung quan trọng được quy định tại Quyết định này là việc hướng dẫn các DNNN thực hiện thoái vốn dưới mệnh giá và dưới giá trị sổ sách, vốn được coi là “điểm nghẽn” cản trở quá trình tái cơ cấu, cổ phần hóa DNNN hiện nay. Theo đó, thoái vốn dưới mệnh giá, dưới giá trị sổ sách kế toán phải đảm bảo nguyên tắc hạn chế tối đa tổn thất đầu tư và bảo toàn vốn nhà nước ở mức cao nhất khi chuyển nhượng vốn.
Quy định về thoái vốn dưới giá trị sổ sách kế toán, quyết định nêu rõ: tại công ty cổ phần đã niêm yết tại sở GDCK hoặc đăng ký giao dịch trên sàn giao dịch Upcom, nếu giá cổ phiếu niêm yết thấp hơn giá trị sổ sách kế toán thì đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước thực hiện chuyển nhượng vốn theo quy định.
Tại công ty cổ phần chưa niêm yết tại sở GDCK, hoặc chưa đăng ký giao dịch trên sàn giao dịch Upcom, nếu giá trị cổ phiếu chuyến nhượng của khoản đầu tư được tổ chức có chức năng thẩm định giá xác định thấp hơn giá trị sổ sách kế toán, thì đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước thực hiện bán đấu giá, bán thỏa thuận theo quy định thoái vốn dưới mệnh giá như trên.
Trường hợp đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước chuyển nhượng phần vốn góp của mình cho thành viên khác hoặc chuyển nhượng cho tổ chức, cá nhân không phải là thành viên trong công ty thì phải thực hiện theo Điều 44 Luật Doanh nghiệp năm 2005.
Trong đó, nếu chuyển nhượng cho các thành viên khác trong công ty thì đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước thực hiện bán thỏa thuận. Giá bán thỏa thuận xác định trên cơ sở kết quả tư vấn của tổ chức có chức năng thẩm định giá nhưng không thấp hơn giá trị sổ sách của khoản đầu tư trừ đi số đã trích lập dự phòng tổn thất các khoản đầu tư tài chính (nếu có).
Nếu chuyển nhượng cho các tổ chức, cá nhân không phải là thành viên trong công ty, thì đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước quyết định bán đấu giá, bán thỏa thuận theo quy định đối với công ty cổ phần chưa niêm yết tại sở giao dịch chứng khoán, hoặc chưa đăng ký giao dịch trên sàn giao dịch Upcom có giá cổ phiếu chuyển nhượng thấp hơn mệnh giá.
Đối với các DN chuyển thành công ty cổ phần trước ngày Quyết định 51 có hiệu lực, đại diện chủ sở hữu vốn Nhà nước có trách nhiệm chỉ đạo người đại diện phối hợp, đôn đốc DN hoàn tất việc thực hiện đăng ký giao dịch và niêm yết trên TTCK trong thời hạn tối đa 1 năm (kể từ ngày 1/11/2014). Đấy được cho là quy định nhằm khắc phục tình trạng hàng loạt DN sau cổ phần hóa không đăng ký giao dịch, niêm yết trên TTCK.