Bị cáo Phạm Hải Bằng, phó giám đốc RPMU và năm bị cáo khác bị cáo buộc nhận 11 tỉ đồng ngoài hợp đồng từ Công ty Tư vấn Giao thông Nhật Bản (JTC).
Theo cáo trạng, ngày 31-10-2008, Bộ GTVT ban hành quyết định phê duyệt dự án xây dựng đường sắt đô thị tuyến số 1 (giai đoạn 1). Ngày 26-11-2008, Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam (VNR) có quyết định giao nhiệm vụ đại diện chủ đầu tư quản lý dự án tuyến số 1 cho Ban Quản lý các dự án đường sắt Việt Nam (RPMU).
RPMU sau đó thành lập tổ dự án tuyến số 1 gồm 21 thành viên, trong đó Phạm Hải Bằng, phó giám đốc RPMU, làm chủ nhiệm dự án; Phạm Quang Duy, trưởng phòng dự án 3, làm điều phối viên. Tháng 1-2009, RPMU quyết định thành lập tổ chuyên gia đấu thầu dịch vụ tư vấn kỹ thuật của dự án tuyến số 1 do Phạm Hải Bằng là tổ trưởng.
Ngày 9-9-2009, VNR ký hợp đồng dịch vụ tư vấn kỹ thuật với liên doanh do Công ty Tư vấn Giao thông Nhật Bản (JTC) đứng đầu. Do khối lượng công việc tăng, tháng 3-2013, RPMU cùng liên doanh đã ký hợp đồng điều chỉnh giá trị hợp đồng tư vấn, nâng tổng giá trị hợp đồng lên hơn 3,6 tỉ yen Nhật và 236 tỉ đồng bằng nguồn vốn vay ODA và vốn đối ứng của Việt Nam.
Trong quá trình thực hiện hợp đồng, Phạm Hải Bằng nêu khó khăn của RPMU về chi phí triển khai thực hiện dự án và được đại diện JTC hỗ trợ khoảng 11 tỉ đồng. Bằng quản lý sử dụng 4,8 tỉ đồng; Nguyễn Nam Thái quản lý sử dụng 3,4 tỉ đồng...
Phạm Hải Bằng khẳng định số tiền này đã chi hết vào việc tiếp khách, đối ngoại nhưng do không ghi chép nên Bằng không nhớ đã chi những khoản nào. Việc sử dụng 11 tỉ đồng của JTC các bị can không mở sổ sách theo dõi, không báo cáo ai tại VNR. Tuy nhiên, qua các thời kỳ giám đốc RPMU, Phạm Hải Bằng có báo cáo với Trần Văn Lục (giám đốc từ năm 1999 đến tháng 9-2009), Trần Quốc Đông (giám đốc từ tháng 10-2009 đến tháng 5-2011) và Nguyễn Văn Hiếu (giám đốc từ tháng 6-2011 đến khi khởi tố vụ án). Tuy nhiên, các bị cáo này không có chỉ đạo gì để chấm dứt việc sử dụng trái phép các khoản tiền từ JTC, để mặc cho Bằng, Thái nhận tiền và sử dụng trong thời gian dài.
Cáo trạng xác định hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn thỏa thuận nhà thầu JTC chi tiền ngoài hợp đồng của Phạm Hải Bằng và Nguyễn Nam Thái để sử dụng gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng, ảnh hưởng đến uy tín của Việt Nam, ảnh hưởng đến quan hệ hợp tác giữa hai nước trong việc vay vốn và sử dụng vốn vay ODA. Hiện do phía Nhật Bản xử lý nhà thầu JTC nên đã làm ngưng trệ việc thực hiện dự án.
Trong phạm vi vụ án này, Cơ quan CSĐT Bộ Công an mới xử lý hành vi trái pháp luật trong việc nhận tiền ngoài hợp đồng từ nhà thầu JTC của các bị cáo, còn những nội dung khác liên quan đến trách nhiệm quản lý toàn bộ dự án, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã tách tài liệu để điều tra, xử lý sau.
