Với vai trò là chủ nhiệm dự án tuyến số 1, Phạm Hải Bằng đã trực tiếp chỉ đạo cấp dưới là Phạm Quang Duy và Nguyễn Nam Thái nhiều lần nhận tiền của JTC. Số tiền nhận được bằng yen Nhật, sau đó các bị can đã đổi sang tiền VN đồng được 11 tỉ đồng. Trong số đó, Bằng quản lý, sử dụng 4,8 tỉ đồng; Nguyễn Nam Thái quản lý, sử dụng 3,4 tỉ đồng...
Các bị cáo tại tòa.
Phạm Hải Bằng khẳng định số tiền này đã chi hết vào việc tiếp khách, đối ngoại nhưng do không ghi chép nên Bằng không nhớ đã chi những khoản nào. Việc sử dụng 11 tỉ đồng của JTC các bị can không mở sổ sách theo dõi, không báo cáo ai tại Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam. Tuy nhiên qua các thời kỳ giám đốc RPMU, Phạm Hải Bằng có báo cáo với Trần Văn Lục (giám đốc từ năm 1999 đến tháng 9-2009), Trần Quốc Đông (giám đốc từ tháng 10-2009 đến tháng 5-2011) và Nguyễn Văn Hiếu (giám đốc từ tháng 6-2011 đến khi khởi tố vụ án). Tuy nhiên, các bị can Lục, Đông, Hiếu không có chỉ đạo gì để chấm dứt việc sử dụng trái phép các khoản tiền từ JTC, để mặc cho Bằng, Thái nhận tiền và sử dụng trong thời gian dài.
Trong vụ án này còn có một số người liên quan như ông Nguyễn Hữu Bằng, nguyên chủ tịch Hội đồng thành viên kiêm tổng giám đốc Công ty Đường sắt Việt Nam; ông Ngô Anh Tảo, nguyên phó tổng Giám đốc Công ty Đường sắt Việt Nam… có trách nhiệm quản lý RPMU. Tuy nhiên, trong phạm vi vụ án này, Cơ quan CSĐT Bộ Công an mới khởi tố, điều tra hành vi trái pháp luật trong việc nhận tiền ngoài hợp đồng từ nhà thầu JTC của các bị cáo, còn những nội dung khác liên quan đến trách nhiệm quản lý toàn bộ dự án, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã tách tài liệu để điều tra, xử lý sau.
