Theo Quỹ Bảo trì đường bộ Trung ương, sau hơn 2 năm thực hiện chính sách thu phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện đối với xe máy, công tác thu phí rất khó khăn, hiệu quả rất thấp. Năm 2013 và 2014 số thu chỉ đạt khoảng hơn 21% kế hoạch. Sang năm 2015, số thu 6 tháng đầu năm 2015 giảm rõ rệt so với cùng kỳ các năm trước và mới chỉ đạt 6,71% kế hoạch năm.
Nguyên nhân là do việc tổ chức thu ở cấp xã, phường chưa đồng bộ, chưa thống nhất từ khâu quản lý số lượng xe máy trên địa bàn đến việc tổ chức thu và nộp vào ngân sách.
Chế tài xử phạt của Bộ Tài chính chưa khả thi, khó kiểm soát vì thẩm quyền xử phạt không phải do cơ quan công an mà do cơ quan thuế, thanh tra sở chuyên ngành, UBND các cấp thực hiện. Do vậy, sau một năm đầu tiên thực hiện đóng phí nhiều chủ phương tiện không tiếp tục thực hiện nghĩa vụ nộp phí sử dụng đường bộ cho các năm tiếp theo.
Hiện nay, việc thu phí phụ thuộc chủ yếu vào ý thức tự giác của người dân. Tuy nhiên ý thức của một bộ phận người dân trong việc chấp hành nghĩa vụ nộp phí sử dụng đường bộ chưa cao, việc triển khai thu phí tại các địa bàn vùng sâu, vùng xa còn khó khăn…
Trên cơ sở đó, mặc dù một số địa phương có báo cáo vẫn đề nghị tiếp tục thu phí nhưng Quỹ nhận thấy còn quá nhiều yếu tố khiến việc thu phí không khả thi dù mức thu rất thấp (trung bình 70.000đ/xe/năm).
Bên cạnh đó, việc thực hiện không đồng bộ giữa các địa phương thu và không thu (như Thành phố Hồ Chí Minh, Đà Nẵng, Khánh Hòa...) tạo nên sự không công bằng và dư luận không tốt trong xã hội. Vì vậy, trong khi chờ sửa đổi các văn bản quy phạm pháp luật liên quan, Quỹ kính trình Thủ tướng Chính phủ cho phép tạm thời dừng thu phí sử dụng đường bộ đối với xe máy từ ngày 1-1-2016.
Bộ GTVT và Bộ Tài chính, các cơ quan liên quan sẽ sửa đổi nghị định 18 của Chính phủ về Quỹ Bảo trì đường bộ theo hướng bỏ thu phí xe máy trong năm 2015.