Tòa đã tuyên giữ nguyên án sơ thẩm. Theo án sơ thẩm, Công ty Phú Lễ không bị truy thu hơn 5,1 tỉ đồng nhưng vẫn bị truy thu khoảng 400 triệu đồng.
Trong quá trình bán sỉ hàng, Công ty Phú Lễ đã tặng, biếu cho các cửa hàng áo mưa, chén, cốc, ly thủy tinh, xô đựng đá... để phục vụ việc bán hàng tại các cửa hàng.
Khi kê khai thuế, công ty này vẫn kê khai và khấu trừ số thuế giá trị gia tăng của các loại hàng biếu, tặng, cho kể trên.
Cơ quan thuế cho rằng Phú Lễ đã thực hiện hoạt động khuyến mãi. Theo quy định của Nghị định 37/2006 về xúc tiến thương mại thì doanh nghiệp phải nộp thông báo về khuyến mãi cho Sở Thương mại tỉnh, thành (nay là Sở Công Thương).
Tại tòa, đại diện Cục Thuế TP cho rằng thông báo này được xem là “chứng từ”. Doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế giá trị gia tăng cho số hàng khuyến mãi nếu đủ “hóa đơn, chứng từ”. Do Phú Lễ không đủ “chứng từ” nên không được khấu trừ thuế, phải truy thu và xử phạt khoảng 400 triệu đồng.
Tòa sơ thẩm cũng như phúc thẩm, đã tuyên rằng Cục Thuế truy thu đúng. Doanh nghiệp biếu, tặng, cho thì xem như đang khuyến mãi và phải có thông báo khuyến mãi với Sở Công Thương thì mới được khấu trừ thuế giá trị gia tăng.
Tuy nhiên, trong vụ kiện Cục Thuế TP, phần thắng kiện của Công ty Phú Lễ chiếm gần 92% tổng số tiền mà Cục Thuế truy thu, phạt thuế, chiếm trên 5,1 tỉ đồng trong số gần 5,6 tỉ đồng trong quyết định.
Khi bán hàng, Phú Lễ có hợp đồng với đại lý thỏa thuận nếu đại lý mua hàng đạt doanh số trên 100 triệu đồng thì được hưởng chiết khấu thương mại 5%.
Khi thanh tra, Cục Thuế TP.HCM xem đây là việc khuyến mãi và cho rằng rượu là hàng cấm khuyến mãi nên đã bác bỏ các khoản chiết khấu, áp lại doanh thu và thuế, dẫn đến truy thu, xử phạt trên 5,1 tỉ đồng.
Trong lần xử sơ thẩm năm 2015, tòa đã tuyên rằng khuyến mãi và chiết khấu thương mại là khác nhau và Phú Lễ đang thực hiện chiết khấu thương mại. Do đó việc truy thu thuế của Cục Thuế TP là không có cơ sở. Quyết định truy thu thuế phải bị hủy và điều chỉnh lại. Cả Phú Lễ và Cục Thuế TP đều không kháng cáo đối với nội dung này.