Tuy nhiên, tại tòa, Hội đồng xét xử đã quyết định tạm hoãn phiên xử vì vắng mặt một số nhân chứng quan trọng. VKSND TP.Biên Hòa đã nhiều lần trả hồ sơ, yêu cầu cơ quan điều tra bổ sung những tình tiết quan trọng trong vụ án.
Theo đó, các bị cáo Trần Văn Thời (30 tuổi), Bùi Văn Thuấn (43 tuổi), Trần Viết Hải (23 tuổi), Nguyễn Văn Lương (57 tuổi) cùng là nhân viên của Đội quản lý đường sắt Biên Hòa (thuộc Công ty TNHH một thành viên Quản lý đường sắt Sài Gòn) và Tô Quang Toán (43 tuổi, nhân viên Tổ thông tin tín hiệu Ga Biên Hòa) bị truy tố về tội thiếu trách nhiệm, gây hậu quả nghiêm trọng.
Ngoài ra, các bị cáo Nguyễn Văn Túy (46 tuổi, lái tàu SE2), Nguyễn Xuân Phú (50 tuổi, phụ lái tàu SE2) bị truy tố về tội vi phạm quy định về điều khiển phương tiện giao thông đường sắt. Bị cáo Trần Minh Châu (54 tuổi, lái xe ô tô) bị truy tố về tội cản trở giao thông đường sắt.
Theo cáo trạng, ngày 6-2-2011, Thuấn, Thời có nhiệm vụ trực tại chắn số 4; Lương, Hải trực tại chắn số 3 (Cầu Ghềnh). Tuy nhiên, đến khoảng 19 giờ, Thời tự ý bỏ gác đầu cầu. Khoảng 15 phút sau điện thoại tàu SE2 xin đường, biết tàu sắp đến nhưng Thời vẫn ngồi ăn cháo trong trạm mà không ra đầu cầu hạ barie xuống.
Đến 19 giờ 26, Lương quan sát đầu chắn số 4 không có xe ô tô đi vào nên giơ đèn xách tay để báo bên kia không cho xe vào cầu. Không nhận được tín hiệu từ phía bên kia nhưng Lương vẫn cho 5 xe ô tô đi vào lòng cầu. Tuy nhiên đi đến giữa cầu thì đoàn xe này bị kẹt lại. Cùng lúc này tàu SE2 báo xin đường lần 2.
Thấy xe kẹt trên cầu, Thuấn cầm đèn tín hiệu ra đầu cầu, Thời ấn nút chuông và đèn tín hiệu, đồng thời hạ chắn barie và kéo chắn phụ rồi hô thông báo tàu sắp đến cho xe ô tô lùi lại. Tuy nhiên, Châu lái xe đi cuối đoàn không đồng ý cho xe lùi lại. Sau một hồi tranh cãi, Châu cho xe lùi lại thì tàu cũng vừa đến gây ra vụ tai nạn.
Túy và Phú dù không nhận được tín hiệu đèn báo cầu an toàn, nhưng vẫn cho tàu vào cầu dẫn đến vụ tai nạn. Riêng Toán là nhân viên bảo trì đèn tín hiệu nhưng thiếu tinh thần trách nhiệm trong việc để đèn tín hiệu hư không sửa chữa.
