Cụ thể, theo thông báo khẩn của UBND TP.HCM về kết luận của Phó Chủ tịch UBND TP.HCM Trần Vĩnh Tuyến sau khi họp các bên, có hai vấn đề khúc mắc được chỉ đạo như sau:
Khó khăn thứ nhất liên quan đến Phụ lục 2A (là báo cáo giải ngân khoản vay), một trong những nguyên nhân dự án đình trệ là TP chưa ký xác nhận báo cáo cho vay dự án theo mẫu phụ lục này để thực hiện thủ tục tái cấp vốn.
Về vấn đề này, TP giao Trung tâm điều hành Chương trình chống ngập nước TP (TTCN) - đơn vị điều hành dự án chủ trì, phối hợp Sở NN&PTNT, Sở Tài chính, Sở KH&ĐT, Sở Tư pháp làm việc với Công ty TNHH Trung Nam BT 1547 (chủ đầu tư) khẩn trương nghiên cứu, rà soát, tham mưu đề xuất kiến nghị Ngân hàng Nhà nước về việc ký phụ lục hợp đồng BT dự án theo đúng quyết định của Ngân hàng Nhà nước.
Sau đó TP sẽ ủy quyền cho TTCN trực tiếp ký xác nhận báo cáo cho vay dự án theo mẫu Phụ lục 02A kèm quyết định của Ngân hàng Nhà nước; đồng thời khẳng định việc ký xác nhận báo cáo cho vay theo mẫu Phụ lục 02A là báo cáo giải ngân khoản vay cho dự án.
"Nhà đầu tư phải chịu trách nhiệm hoàn toàn trong việc điều hành, sử dụng khoản vay, tổ chức thi công dự án theo đúng quy định tại hợp đồng BT đã ký và các quy định hiện hành liên quan. Việc thanh quyết toán dự án hoàn thành thực hiện theo đúng quy định pháp luật" - văn bản UBND TP HCM nêu rõ.
Để tạo điều kiện cho dự án tái khởi động, TP yêu cầu TTCN phối hợp Sở Tài chính làm việc với Ngân hàng Nhà nước và Ngân hàng BIDV, bố trí buổi làm việc với UBND TP nhằm thống nhất nội dung kiến nghị trên và đề nghị tiếp tục thực hiện thủ tục tái cấp vốn.
Khúc mắc thứ hai liên quan vấn đề nợ thuế của đơn vị tư vấn giám sát hợp đồng (Công ty TNHH Tư vấn xây dựng Meinhardt - đại diện liên danh tư vấn giám sát hợp đồng), TP cho biết sẽ giải quyết sau khi có báo cáo của Cục Thuế TP, Sở KH&ĐT (trước đó Cục Thuế TP.HCM đã kiến nghị Sở KH&ĐT rút giấy phép của Công ty Meinhardt) do nợ thuế kéo dài).
Dự án chống ngập có xét đến yếu tố biến đổi khí hậu (giai đoạn 1) được UBND TP.HCM ký kết với Công ty Trung Nam BT 1547 theo hình thức BT, có kinh phí hơn 9.926 tỉ đồng và dự kiến hoàn thành sau 36 tháng (tháng 6-2019). Tới nay, dự án đã hoàn thành 72% khối lượng.