Cụ thể, một số tỉnh thành có báo cáo vướng mắc và kiến nghị hướng giải quyết nên Bộ đề nghị thực hiện như sau: hồ sơ đã đủ điều kiện cấp Giấy chứng nhận đầu tư theo quy định trước đây thì các Sở cứ cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo Luật mới trên cơ sở thỏa thuận bằng văn bản về việc nhà đầu tư đồng ý cấp Giấy theo Luật mới. Không được yêu cầu lập hồ sơ dự án đầu tư hoặc sửa đổi, bổ sung theo quy định mới.
Trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ, chưa đáp ứng điều kiện cấp giấy theo quy định cũ thì nhà đầu tư phải bổ sung hồ sơ theo quy định mới.
Vướng mắc lớn trong thời gian qua là chưa rõ thủ tục khi DN muốn điều chỉnh Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận đầu tư. Bộ hướng dẫn nếu DN thay đổi nội dung về đăng ký kinh doanh thì làm thủ tục với Phòng Đăng ký kinh doanh để được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, không cần đổi Giấy chứng nhận đầu tư hiện có.
Nếu DN thay đổi nội dung về đầu tư thì DN làm thủ tục với Phòng Đầu tư để có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư mới theo Luật mới. Giấy cũ vẫn còn hiệu lực với nội dung về đăng ký kinh doanh.
Nếu DN đổi cả hai loại nội dung thì DN đến Phòng Đăng ký kinh doanh để được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước, sau đó mới đến Phòng Đầu tư để được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
Luật Doanh nghiệp 2014, Luật Đầu tư 2014 có hiệu lực từ ngày 1-7-2015 nhưng đến nay vẫn chưa có Nghị định hướng dẫn.
