Cụ thể, một số doanh nghiệp phản ánh, khi thông quan hàng hóa, một số đơn vị hải quan bắt doanh nghiệp nộp bản chính của giấy nộp tiền vào kho bạc, hoặc bản sao giấy nộp tiền trước khi thông quan, hoặc đợi tài khoản hải quan nhận được tiền thuế rồi mới chịu thông quan cho doanh nghiệp.
Trong khi đó, nhiều doanh nghiệp đã nộp đủ thuế rồi nhưng lỗi hệ thống phần mềm khiến hải quan không có thông tin.
Tổng cục Hải quan nhắc lại: thông tin nộp thuế phải cập nhật trên hệ thống và truyền đến cơ quan hải quan 15 phút/lần, sau thời gian này nếu doanh nghiệp đã nộp thuế mà dữ liệu trên hệ thống chưa có thì mới yêu cầu doanh nghiệp trình bản sao chứng từ nộp thuế (có xác nhận của doanh nghiệp) và thông quan cho doanh nghiệp.