Trả lời câu hỏi mà báo chí đặt ra trước cuộc họp báo Chính phủ thường kỳ tháng 5/2015: "Có thông tin cho rằng Dự án đào hồ chứa nước, khai thác đá trong sân bay Biên Hòa có thể đã vận chuyển một khối lượng lớn đất đá nhiễm độc hoá học đi các nơi (nhiều tỉnh miền Tây, Đồng Nai), trong đó có thể một lượng không nhỏ đất đá nhiễm đioxin được sử dụng cho dự án san lấn sông Đồng Nai làm dư luận hoang mang. Xin cho biết thông tin chính xác về vấn đề này", ông Nguyễn Văn Nên cho biết:
Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Quốc phòng đã thành lập đoàn thanh tra có đại diện Ủy ban Quốc phòng an ninh giám sát, Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai tham gia xác minh thông tin báo chí nêu. Thủ tướng Chính phủ đã nhận được báo cáo của Bộ Quốc phòng về vấn đề này. Kết quả không phải như thông tin báo chí đã đưa.
Về kết luận mới đây của thanh tra thành phố Hà Nội liên quan đến việc chạt, hạ cây xanh, ông Nên thông báo, sau khi có Kết luận thanh tra vụ việc, Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ và đang chỉ đạo thực hiện các kiến nghị của Thanh tra; xem xét, xử lý trách nhiệm theo quy định đối với tập thể, cá nhân có liên quan trong tháng 6 năm 2015.
Liên quan đến vụ việc 5.400 container vô chủ tồn đọng tại các cảng biển của Việt Nam, một số ý kiến cho rằng “cảng biển Việt Nam đã trở thành bãi rác của thế giới”, phế liệu, rác thải công nghiệp được nhập về Việt Nam với số lượng lớn, trong khi các biện pháp quản lý, ngăn ngừa không hiệu quả; ông Nên cho biếtThủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo các Bộ, cơ quan liên quan sớm xem xét, làm rõ, xử lý nghiêm đối với những container hàng hóa vận chuyển trái phép về Việt Nam. Những container tồn đọng do khó khăn khách quan (thủ tục nhận hàng, thay đổi về chính sách, chi phí lưu kho, bãi quá lớn,…) sẽ có biện pháp phù hợp, đúng quy định pháp luật để xử lý.
Đồng thời, Thủ tướng Chính phủ cũng giao các Bộ, cơ quan liên quan rà soát, sửa đổi, bổ sung những quy định pháp luật cần thiết, phù hợp để khắc phục và ngăn ngừa tình trạng trên.