Theo Sở GTVT, từ khi đưa vào hoạt động hệ thống thu phí không dừng tại các trạm thu phí An Sương - An Lạc và trạm thu phí cầu Phú Mỹ, hệ thống sử dụng thẻ đầu cuối có tốc độ nhận diện phương tiện nhanh, chính xác với tốc độ phương tiện lưu thông cao, hệ thống hoạt động tương đối ổn định.
Tuy nhiên, trong quá trình hoạt động, hệ thống thu phí không dừng cũng phát sinh một số bất cập, hạn chế như: Qua theo dõi, số lượng phương tiện giao thông sử dụng dịch vụ thu phí không dừng còn thấp, chưa phát huy hết hiệu quả trong việc nâng cao năng lực thông hành các phương tiện lưu thông qua trạm.
Cụ thể, đối với trạm thu phí An Sương - An Lạc, từ lúc đưa vào hoạt động đến nay, số lượng phương tiện sử dụng dịch vụ thu phí không dừng chỉ chiếm 3,5% tổng số lượt phương tiện lưu thông qua trạm thu phí. Đối với trạm thu phí cầu Phú Mỹ, từ lúc đưa vào hoạt động đến nay, số lượng phương tiện sử dụng dịch vụ thu phí không dừng chỉ chiếm 14% tổng số lượt phương tiện lưu thông qua trạm thu phí.
Việc liên thông giữa các trạm thu phí trên địa bàn TP.HCM với các trạm thu phí xung quanh địa bàn các tỉnh Đồng Nai, Bình Dương, Bà Rịa-Vũng Tàu cũng như các tuyến đường cao tốc kết nối với TP vẫn chưa được thực hiện đồng bộ. Qua đó chưa phát huy được hiệu quả của hệ thống thu phí không dừng tại các trạm thu phí đã lắp đặt.
Nhằm đảm bảo tiến độ chuyển sang thu phí tự động đối với tất cả trạm thu phí trên địa bàn TP trước 31-12-2019 theo chỉ đạo của Chính phủ, Sở GTVT kiến nghị UBND TP có ý kiến về việc Công ty TNHH Phát triển Phú Mỹ Hưng triển khai lắp đặt hệ thống thu phí điện tử không dừng từ nguồn thu phí giao thông trước ngày 31-12.
Bên cạnh đó, kiến nghị Bộ GTVT sớm trình cấp có thẩm quyền ban hành các quy định liên quan đến việc bắt buộc các phương tiện ô tô tham gia giao thông phải thực hiện dán thẻ đầu cuối cũng như nộp tiền vào tài khoản trả trước, đồng thời chế tài đối với các trường hợp vi phạm.