Chùa Phụng Sơn còn gọi là chùa Gò, được xây dựng khoảng những năm đầu thế kỷ XIX, dưới đời vua Gia Long triều Nguyễn (1802-1820) trên nền của một ngôi chùa Khmer cổ kính đã bị hoang phế. Từ ngoài vào chùa là một cổng tam quan đồ sộ được xây dựng từ năm 1969 theo bản vẽ của kiến trúc sư Nguyễn Bá Lăng. Cổng giữa của tam quan cao đến 5 m, rộng 4,2 m. Còn hai cổng phụ ở hai bên cao 2,8 m, rộng 1,5 m. Trên mỗi cổng đều có những cặp câu đối.
Tương truyền, trên đường vân du hành đạo từ Trung vào Nam, thiền sư Liễu Thông, pháp danh Chơn Giác, tục danh Huỳnh Đậu (1735-1840), người gốc Thanh Hóa, đã đến vùng đất Gia Định, dừng chân bên một gò đất cao, dưới chân gò là một bàu sen bao quanh trong xanh, mát mẻ, trên mặt bàu điểm lấm tấm những đóa hoa sen hồng đang nở rộ. Thấy cảnh trí u nhàn, thiền sư Liễu Thông đã quyết định dựng lên một thảo lư tại gò đất ấy. Mới đầu ngôi thảo lư rất nhỏ với mái lá đơn sơ, thờ Phật (tượng Phật của chùa Khmer cũ còn lại).
Vào những buổi chiều, Tổ sư Liễu Thông vẫn thường lần chuỗi hạt, đi niệm Phật quanh bốn phía gò đất. Một ngày nọ, Tổ sư đang đứng trước thảo lư, bỗng thấy một con chim phụng từ đâu bay đến đậu trên cành cây ngô đồng và cất tiếng hót véo von. Nhận thấy việc chim phụng xuất hiện là điều hiếm có và là điềm lành, cho nên Tổ sư Liễu Thông liền đặt tên chùa là Phụng Sơn.
Từ ngày thành lập đến nay, chùa Phụng Sơn đã trải qua chín đời trụ trì, khai sơn do Tổ sư Liễu Thông (Chơn Giác) và từ năm 1996 đến nay là thầy Thích Trí Định (Nguyên Tu) trụ trì.
Chùa Phụng Sơn đã được trùng tu, sửa chữa nhiều lần. Vào năm 1904-1915 và năm 1960 là hai lần trùng tu lớn nhất.
Chùa Phụng Sơn xây theo kiểu chữ "quốc" (chữ Hán), dài trên 40 m, rộng gần 20 m, có hàng hiên chạy quanh bốn phía. Bên trong chùa chia ra hai khu rõ rệt, phía trước là chính điện, cách một sân lộ thiên, phía sau là nhà giảng.
Mái chùa lợp ngói âm dương và sà thấp xuống hai bên hàng hiên rộng làm cho không khí trong chùa thông thoáng, mát mẻ. Bộ giàn trò của chùa cao ráo, toàn danh mộc, lâu năm lên nước đen bóng.
Chánh điện chùa Phụng Sơn được bài trí tôn nghiêm theo quy cách của những ngôi chùa Nam bộ. Bộ tượng Tam Tôn gồm Phật A Di Đà, Bồ Tát Quán Âm và Thế Chí được đặt ở vị trí cao nhất.
Tại bàn Tam bảo thờ vị Phật và Bồ Tát có cầm bửu bối trong tay, còn tay kia trong tư thế bắt ấn, thể hiện công đức của Phật đang hoằng độ chúng sinh.
Đặc biệt là pho tượng Phật bằng đá trắng được dát bằng 200 miếng vàng lá được tìm thấy trong khi tiến hành đào kinh Cây Gõ gần đó vào năm 1911, tượng ông Tiêu (Tiêu Diện) bằng gốm sứ đặt ở chính diện chùa, đối diện với bàn thờ Phật, đã góp phần giới thiệu một phong cách nghệ thuật và kỹ nghệ chế tác tượng gốm Nam bộ vào những năm cuối thế kỷ XIX, đầu thế kỷ XX.
Tổng cộng chùa có khoảng 40 pho tượng thờ. Nhiều tượng thờ do nhóm thợ từ Sa Đéc, do hòa thượng Huệ Minh mời đến chùa để tạo tác vào những năm đầu thế kỷ XX.
Có nhiều pho tượng quý như bộ Di Đà Tam Tôn, bộ Ngũ Hiền thượng kỳ thú, pho tượng Phật bằng đá, tượng Tiêu Diện...
Sau lưng bàn thờ Phật là bàn thờ Tổ. Ở đây có một tượng Phật Thích Ca do Nhật Bản tạc theo phong cách nghệ thuật ghép từng mảnh gỗ tạo thành tượng ruột bộng, với những đường nét chạm trổ rất tinh tế, bay bướm làm cho dáng tượng thoải mái, không chút gì gò bó.
Hai bên sân lộ thiên có đông lang và tây lang, nối liền hai nơi. Sân lộ thiên có hòn non bộ, tượng Quán Âm và cây cảnh, nhờ có khoảng sân này nên chùa được thoáng đãng, sáng sủa.
Điện Phật có nhiều tượng Phật xưa bằng gỗ, thiếp vàng chạm trổ mỹ thuật.
Bàn thờ các vị sư trụ trì của chùa.
Nơi chính điện, các cột đều làm bằng gỗ tốt, lâu ngày đã trở nên đen bóng.
Chùa Phụng Sơn là một trong những ngôi chùa cổ, còn in đậm nét sự có mặt của tín ngưỡng dân gian, như bên hành lang chánh điện thờ Linh Sơn Thánh Mẫu, dấu vết của quá trình sinh sống và cộng cư của nhiều dân tộc tại vùng đất này còn được thể hiện qua hình ảnh ngôi miếu nhỏ thờ Ông Tà (Neak Tà) trong khuôn viên chùa, bên những ngôi tháp Tổ. Năm 1988, chùa đã được Bộ Văn hóa công nhận là Di tích lịch sử văn hóa, loại di tích kiến trúc nghệ thuật.
