Trung tướng Michael Flynn, Giám đốc DIA từ tháng 7/2012, và Phó Giám đốc DIA David Shedd đã ra thông báo chung nói rõ sẽ chính thức về hưu vào mùa Thu 2014. Thông báo cũng bác bỏ những đồn đại cho rằng hai ông đã bị ép từ chức và khẳng định việc về hưu đã được lên kế hoạch từ trước. 

Trong khi đó, báo Washington Post (Bưu điện Washington), dẫn các nguồn thạo tin cho biết ông Flynn bị ép từ chức do bất đồng quan điểm với một số nhân vật cấp cao, trong đó có Thứ trưởng Quốc phòng phụ trách tình báo Michael Vickers. 

DIA hiện đang trong giai đoạn tiến hành những cải cách lớn trong khuôn khổ kế hoạch tuyển mộ thêm điệp viên chiến trường.

Theo thông báo của DIA, sự lãnh đạo của bộ đôi nói trên trong kế hoạch cải cách DIA sẽ giúp tạo ra diện mạo mới cho cơ quan tình báo này, cho phép DIA phản ứng kịp thời với những cuộc khủng hoảng gần đây mà không cần thành lập lực lượng đặc biệt hoặc điều động nhân viên từ nơi khác đến. 

Tuy nhiên, việc từ chức của hai nhân vật cấp cao nhất DIA sẽ khiến cho kế hoạch này bị gián đoạn. 

Trước đó, Trung tướng Flynn đóng vai trò chính trong việc chỉ đạo tiến hành các chiến dịch truy quét do các lực lượng đặc biệt thực hiện để phá vỡ các mạng lưới của các phần tử nổi dậy tại Iraq và Afghanistan. 

Hiện tại, chưa có thông tin chính thức về nhân vật kế nhiệm ông Flynn, tuy nhiên Washington Post dự đoán có thể Trung tướng Mary Legere sẽ được bổ nhiệm vào vị trí này. Nếu được đề cử và được các nghị sĩ tán thành, Trung tướng Legere sẽ trở thành nữ lãnh đạo đầu tiên của DIA.