Đến ngày 31-8, mực nước cao nhất ngày trên sông Tiền (An Giang) tại Tân Châu lên mức 4,2 m, trên báo động 2 là 0,2 m; trên sông Hậu tại Châu Đốc lên mức 3,7 m, trên báo động 2 là 0,2 m; tại các trạm hạ lưu sông Cửu Long lên mức báo động 2, có nơi trên báo động 2.
Những ngày tiếp theo, mực nước sông Cửu Long biến đổi chậm. Đến ngày 5-9, mực nước cao nhất ngày tại Tân Châu ở mức 4,15 m, trên báo động 2 là 0,15 m; tại Châu Đốc ở mức 3,65 m, trên báo động 2 là 0,15 m.
Trung tâm DBKTTVQG cảnh báo do lũ thượng nguồn về kết hợp với kỳ triều cường, đến khoảng từ ngày 12 đến 14-9, mực nước đầu nguồn sông Cửu Long có khả năng lên mức báo động 3 (Tân Châu 4,5 m, Châu Đốc 4,0 m), tại các trạm hạ lưu sông Cửu Long lên mức báo động 2 đến báo động 3, có nơi trên báo động 3. Nguy cơ cao xảy ra ngập lụt ở các vùng trũng thấp và mất an toàn đê bao tại tỉnh thuộc vùng đồng bằng sông Cửu Long, đặc biệt là các tỉnh Kiên Giang, An Giang, Đồng Tháp, Long An.