Theo đó, Thanh tra Chính phủ kết luận Petrolimex đã tự đưa ra giá bán lẻ xăng dầu vùng 2 (vùng sâu, vùng xa) thường cao hơn vùng 1, giúp doanh thu của tập đoàn tăng trên 2.790 tỉ đồng.
Tuy nhiên, trong một văn bản gửi Thanh tra Chính phủ, Petrolimex cho rằng tập đoàn tự quyết giá bán lẻ cho vùng 2 là đúng quy định nên “hoàn toàn không thống nhất” với kết luận của cơ quan thanh tra. Các quy định hiện hành về kinh doanh xăng dầu đều cho phép doanh nghiệp đầu mối tự quyết giá dựa trên chi phí vận chuyển thực tế và cả “điều kiện thị trường nhưng không quá 2% giá bán vùng 1.
Theo kết luận thanh tra, Petrolimex chưa quản lý chặt chẽ xăng dầu tiêu thụ trước thời điểm điều chỉnh giá, sản lượng xăng dầu xuất bán trước thời điểm tăng giá tại một số công ty thành viên tăng bất thường 2-7 lần so với sản lượng bình quân. Đây là dấu hiệu sơ hở trong quản lý, dễ phát sinh tiêu cực, tham nhũng nhưng tập đoàn chưa có biện pháp quản lý, khắc phục.
Petrolimex lý giải thực tế hoạt động kinh doanh, nhiều khách hàng có nhu cầu phát hành hóa đơn GTGT cho một chu kỳ nhận hàng nhất định (10-15 ngày) hoặc tại thời điểm điều chỉnh giá thay cho việc phát hành hóa đơn cho mỗi lần mua hàng.
Tại các thời điểm thay đổi giá, các cửa hàng bán lẻ xăng dầu phải đối chiếu với khách hàng để lập hóa đơn GTGT xuất bán cho lượng hàng mà khách hàng đã mua trước đó nên sản lượng bán lẻ theo hóa đơn trước ngay thời điểm tăng giá sẽ tăng đột biến so với sản lượng ngày bình thường.