Lý giải vấn đề này, UBND TP.HCM nói rằng do kế hoạch vốn ODA cấp phát từ ngân sách trung ương năm 2017 phân bổ cho các dự án của TP.HCM không đủ để thanh toán cho khối lượng hoàn thành trên công trường, dẫn đến nguy cơ đình trệ dự án. UBND TP đã thực hiện tạm ứng ngân sách TP để thanh toán cho khối lượng đã thực hiện của các nhà thầu.
Trong khi chờ Bộ KH&ĐT xem xét trình Thủ tướng Chính phủ quyết định bổ sung kế hoạch vốn ODA cấp phát từ ngân sách trung ương năm 2017 cho dự án và để đạt mục tiêu hoàn thành dự án vào năm 2020, UBND TP.HCM đã tiếp tục tạm ứng vốn để giải quyết khó khăn cho dự án.
UBND TP.HCM cam kết chịu trách nhiệm chỉ đạo Ban quản lý Đường sắt đô thị và các cơ quan, đơn vị có liên quan kiểm soát thanh toán chặt chẽ, đảm bảo không thanh toán trùng lắp và không làm tăng chi phí ngân sách nhà nước.