Cụ thể, mức phí thấp nhất cho xe ô tô dưới 12 chỗ, xe tải dưới 2 tấn và xe buýt là 70.000 đồng/lượt (thay vì 90.000 đồng như trong hợp đồng dự án). Xe ô tô từ 12 chỗ đến 30 chỗ, xe tải từ 2 đến 4 tấn có mức phí là 90.000 đồng/lượt (thay vì 130.000 đồng).
Xe ô tô từ 31 chỗ trở lên, xe tải từ 4 đến 10 tấn mức phí là 140.000 đồng/lượt (thay vì 170.000 đồng). Mức phí của xe tải từ 10 đến 18 tấn, xe container 20 feet là 180.000 đồng/lượt (không thay đổi so với hợp đồng dự án). Xe tải từ 18 tấn trở lên, xe container 40 feet mức phí là 240.000 đồng/lượt (không thay đổi).
Theo Công ty cổ phần Đầu tư Đèo Cả (doanh nghiệp dự án), việc điều chỉnh mức phí dịch vụ nhằm bảo đảm hài hòa lợi ích của Nhà nước, nhà đầu tư và người dân. Việc thu phí này cũng để hoàn vốn cho dự án hầm Phước Tượng - Phú Gia và dự án hầm đường bộ Hải Vân.
Ngoài ra, theo đơn vị này, phía bắc hầm Hải Vân (cách trạm Nam Hải Vân khoảng 12 km), Bộ GTVT bố trí trạm thu phí dự án BOT hầm Phước Tượng - Phú Gia (trạm Bắc Hải Vân) với khoảng cách hai trạm là quá gần. Từ đó dẫn đến việc nhà đầu tư dù đã hoàn thành việc nâng cấp, sửa chữa hầm Hải Vân 1 nhưng đến nay chưa thực hiện triển khai thu phí tại trạm Nam Hải Vân.
Điều này làm thiếu hụt nguồn vốn thu, ảnh hưởng đến công tác quản lý, vận hành duy trì hoạt động lưu thông qua hầm và phương án hoàn vốn cho sửa chữa, nâng cấp hầm Hải Vân 1.
Để giải quyết bất cập trên, Bộ GTVT đã lựa chọn phương án sử dụng chung trạm thu phí Bắc Hải Vân thực hiện thu phí hoàn vốn cho hầm Phước Tượng - Phú Gia và dự án hầm đường bộ Hải Vân.
