Theo đó, cơ cấu tổ chức của Bộ sẽ giảm từ 35 đơn vị xuống còn 28 thông qua việc chia tách hoặc hợp nhất một số đơn vị. Đáng chú ý, Tổng cục Năng lượng sẽ tách ra thành Cục Điện lực và Năng lượng tái tạo, Vụ Dầu khí và Than, Vụ Tiết kiệm năng lượng và phát triển bền vững.
Vụ Kế hoạch và Vụ Tài chính sẽ sáp nhập để thành Vụ Kế hoạch-Tài chính, Vụ Tổ chức cán bộ và Vụ Phát triển nguồn nhân lực sẽ hợp thành Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Thị trường trong nước và Vụ Thương mại biên giới hợp thành Vụ Thị trường trong nước. Ngoài ra, nâng cấp Cục Quản lý thị trường thành Tổng cục Quản lý thị trường.
