Tháng 8-2012, Phiên đã sử dụng giấy CMND giả mang tên Trần Đức Chính (trú xã Mồ Ô, huyện Đắk Rông, Quảng Trị) để thành lập Công ty TNHH Xây dựng thương mại Tân Bến Thuỷ (đóng tại phường Trung Đô, TP Vinh) kinh doanh vật liệu xây dựng. Có được giấy đăng ký kinh doanh và mã số thuế, Phiên ký hợp đồng với Công ty TNHH in Hòa Nhơn đặt in 10 quyển hoá đơn thuế để bán hóa đơn thuế giá trị gia tăng (GTGT).
Từ tháng 9-2012 đến tháng 2-2013, Công ty Tân Bến Thủy không hoạt động kinh doanh nhưng vẫn khai thuế đầu ra tại 353 số hoá đơn, tổng doanh thu bán hàng hơn 34 tỉ đồng, tương ứng thuế GTGT đầu ra hơn 3,4 tỉ đồng.
Đồng thời, công ty này sử dụng 36 hóa đơn bất hợp pháp để kê khai thuế đầu vào khấu trừ với doanh số mua vào hơn 34 tỉ đồng.
Giám sát tờ khai của công ty, Chi cục thuế TP Vinh phát hiện có 22 số hóa đơn báo về bên bán không hợp lệ. Tháng 6-2013, Phiên bỏ trốn và mang theo toàn bộ hóa đơn cùng khoản nợ thuế hơn 11 triệu đồng.
Trần Quang Phiên (phải) bị bắt và di lý về Nghệ An
Kết luận điều tra cho thấy, tổng số hóa đơn Phiên bán ra là rất lớn, gây thiệt hại cho nhà nước tiền thuế GTGT hơn 3.7 tỉ đồng.
Ngày 14-1, Cơ quan công an TP Vinh ra quyết định truy nã Phiên trên toàn quốc. Phiên trốn truy nã bằng cách bay vào TP HCM sống trong một căn hộ sang trọng. Ba tháng sau, biết công an ráo riết truy tìm mình, Phiên rao bán một căn hộ để gom tiền đi Campuchia thì bị Công an TP Vinh cùng Phòng Cảnh sát truy nã (PC 52), Công an tỉnh Nghệ An và Công an TP HCM bắt giữ, di lý về TP Vinh (Nghệ An).