Ông Phạm Ngọc Phương, Chánh Văn phòng Bộ GD&ĐT, cho biết sau khi Bộ nhận được công văn của ĐH Tôn Đức Thắng, Bộ đã trả lời hai nội dung.
Thứ nhất, Hội đồng Chức danh GS nhà nước do Thủ tướng ký quyết định thành lập theo đề nghị của Bộ GD&ĐT có trách nhiệm xét công nhận và hủy bỏ công nhận các tiêu chuẩn chức danh GS-PGS.
Thứ hai, thủ trưởng cơ sở giáo dục ĐH, trong đó có hiệu trưởng Trường ĐH Tôn Đức Thắng, căn cứ vào nhu cầu bổ nhiệm chức danh GS, PGS, đề nghị của khoa, bộ môn và ý kiến của hội đồng khoa học cơ sở giáo dục ĐH ra quyết định bổ nhiệm chức danh GS, PGS cho các nhà giáo đã được công nhận đạt tiêu chuẩn chức danh GS, PGS theo quyết định trên.
Hiểu theo trả lời của Bộ GD&ĐT thì việc tự phong hàm GS, PGS của Trường ĐH Tôn Đức Thắng là không đúng theo quyết định của Thủ tướng.