Sau khi nghe Thanh tra Bộ GD&ĐT báo cáo về kết quả xác minh thông tin qua hoạt động thanh tra, ý kiến giải trình của lãnh đạo hai trường, ý kiến của Bộ Y tế, Thứ trưởng Bộ GD&ĐT Bùi Văn Ga, cho biết Bộ đang tiến hành thanh tra theo quy định, Thanh tra Bộ GD&ĐT xem xét, sớm kết luận toàn diện các nội dung thanh tra, trong đó đề xuất xử lý nghiêm trách nhiệm đối với tổ chức, cá nhân có liên quan.
Cụ thể, đối với 22 sinh viên lớp 10D mà trường ĐH Y Dược – ĐH Thái Nguyên đã đình chỉ thi tốt nghiệp từ tháng 11-2014 vừa qua, giao Hiệu trưởng trường ĐH Y Dược Thái Nguyên chủ trì, phối hợp với Hiệu trưởng trường ĐH Y Dược Hải Phòng xử lý theo hướng: buộc thôi học đối với trường hợp dùng bằng trung cấp chuyên nghiệp giả để dự thi, nhập học. Hoặc kỷ luật đình chỉ học tập một năm với sinh viên có hành vi giả mạo giấy tờ để xác đinh thời gian công tác không đúng thực tế.
Theo Bộ GD&ĐT, do quy định về đào tạo liên thông đã thay đổi nên không xử lý sinh viên thiếu thời gian công tác nếu không giả mạo giấy tờ. Đối với các sinh viên khác của các lớp 10D, 11D, 13D, Trường ĐH Y dược- ĐH Thái Nguyên phải có trách nhiệm chủ trì, phối hợp với Trường ĐH Y dược Hải Phòng rà soát cụ thể từng trường hợp, xử lý theo hướng: sinh viên dùng bằng giả sẽ buộc thôi học, sinh viên có hành vi giả mạo giấy tờ để xác định thời gian công tác không đúng bị đình chỉ học tập một năm.
Bộ GD&ĐT yêu cầu hai trường có trách nhiệm báo cáo UBND TP.Hải Phòng triển khai thực hiện theo thông báo trên và thực hiện rà soát từng trường hợp cụ thể xong trước 28-2-2015.
Đồng thời, Bộ GD&ĐT yêu cầu các đơn vị trên thực hiện nghiêm túc các kiến nghị sau khi có Kết luận thanh tra; chấn chỉnh công tác tuyển sinh, liên kết đào tạo, đào tạo liên thông; tổ chức kiểm điểm, xử lý nghiêm tổ chức, cá nhân vi phạm.
Trước đó, theo đề nghị của UBND TP Hải Phòng, Bộ GD&ĐT đã cho phép Trường ĐH Y dược Hải Phòng và Trường ĐH Y dược- ĐH Thái Nguyên liên kết đào tạo 60 chỉ tiêu năm 2010; 80 chỉ tiêu năm 2011 và 80 chỉ tiêu năm 2013, liên thông ngành Dược từ trình độ trung cấp lên trình độ ĐH theo địa chỉ sử dụng. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, hai trường có sai phạm.