Cùng với một năm tù về tội bắt người trái pháp luật trong bản án sơ thẩm trước đây của vụ án này đã có hiệu lực pháp luật, bị cáo Phát bị tổng hợp hình phạt là tám năm ba tháng tù.
Ngoài ra, tòa còn tuyên phạt Lê Tấn Khỏe (sinh năm 1999, ngụ xã Vạn Long) hai năm tám tháng bảy ngày tù cũng về tội cố ý gây thương tích. Án phạt của bị cáo Khỏe tương đương với thời gian mà bị cáo này bị bắt tạm giam.
Bản án sơ thẩm kết luận xuất phát từ mâu thuẫn, chiều 29-12-2013, Lê Tấn Khỏe dùng vỏ chai thủy tinh ném trúng đầu em Tu Ngọc Thạch (sinh năm 1999, học sinh lớp 9, ngụ xã Vạn Thọ, huyện Vạn Ninh). Sau đó, hai nhóm thiếu niên trên giải hòa với nhau. Tuy nhiên, khi nghe tin nhóm của Khỏe (con của một công an viên xã Vạn Long) đánh nhau với nhóm của Thạch trước đó, Lê Minh Phát rủ Lê Ngọc Tâm (34 tuổi, công an viên xã Vạn Long) đi đuổi bắt em Thạch, còng tay đưa về trụ sở công an xã. Trong quá trình bắt giữ, trên đường đi và tại trụ sở công an xã, Phát nhiều lần đánh em Thạch, làm em bị chấn thương sọ não dẫn đến tử vong.
Bản án xác định Phát thực hiện hành vi phạm tội khi không phải ca trực, không có thẩm quyền, không được phân công. Hành vi của Phát có tính chất côn đồ, phạm tội với trẻ em. Tuy nhiên, do gia đình Phát đã tự nguyện bồi thường hơn 100 triệu đồng cho gia đình người bị hại, gia đình nạn nhân có đơn xin giảm án cho Phát nên bị cáo này được hưởng thêm một số tình tiết giảm nhẹ. Do đó án phạt đối với bị cáo Phát đã giảm ba tháng so với mức án mà VKS cùng cấp đề nghị tại phiên tòa này cũng như so với mức án trong bản án sơ thẩm lần hai.
Sau phiên xử, luật sư Trần Quốc Tuấn (Đoàn Luật sư tỉnh Khánh Hòa, bào chữa cho bị cáo Khỏe) cho biết gia đình bị cáo Khỏe sẽ kháng cáo kêu oan vì Khỏe không gây ra thương tích cho em Thạch.
