Theo đó dự án đi qua bốn tỉnh An Giang, Cần Thơ, Hậu Giang, Sóc Trăng.
Theo đề xuất của Ban QLDA, cao tốc sẽ đi thẳng theo hướng đông nam qua kênh Đào giao cắt với ĐT947 và ĐT941, vượt kênh Bốn Tổng, kênh Chắc Cà Đao, kênh Rạch Giá Long Xuyên.
Sau đó tuyến giao với ĐT943, qua kênh Rạch Sỏi - Hậu Giang giao với quốc lộ (QL) 80 hiện hữu và tuyến Lộ Tẻ - Rạch Sỏi tuyến đi vào địa phận TP Cần Thơ, qua kênh Sáu Bọn.
Sơ đồ cao tốc Châu Đốc - Cần Thơ - Sóc Trăng. Đồ họa: HỒ TRANG
Tuyến tiếp tục vượt đường Bốn Tổng - Một Ngàn và kênh Bốn Tổng, qua kênh Năm Châu, Thơm Rơm rồi tiếp tục vượt qua đường Huyện 16 và kênh Thốt Nốt, Xáng Ô Môn, đường Lộ Bà Đầm, qua địa phận tỉnh Hậu Giang. Tiếp đến tuyến đi qua kênh Một Ngàn, Xáng Xà No, vượt qua đường Chiêm Thành Tấn, Ba Tháng Hai và lại cắt kênh Bốn Tổng - Một Ngàn.
Tuyến giao cắt với QL61, đường cao tốc Cần Thơ - Cà Mau tại lý trình Km113 và vượt qua ĐT.928, tim tuyến nằm về bên phải QL1 và cách QL1 khoảng 8 km. Sau đó, tuyến đi qua kênh Xáng Nàng Mau, Xăng Cái Côn và có giao cắt với đường Quản Lộ - Phụng Hiệp.
Qua địa phận tỉnh Sóc Trăng, tuyến tiếp tục vượt qua đường ĐT.14, đường ĐT.13, kênh Tam Sóc, giao cắt với QL1 và vượt qua đường Văn Ngọc Chính, sông Đinh, kết nối với cảng nước sâu Trần Đề tại vị trí giao QL Nam Sông Hậu thuộc xã Trung Bình, huyện Trần Đề (Sóc Trăng).
Đơn vị nghiên cứu cũng đề xuất phân kỳ đầu tư cao tốc thành ba dự án thành phần gồm Châu Đốc - Lộ Tẻ - Rạch Sỏi (dài 63,4 km)...
Tổng mức đầu tư cao tốc giai đoạn 1 là 47.435 tỉ đồng. Đầu tư theo hình thức hợp tác công tư PPP, loại hợp đồng BOT. Trong đó, dự án thành phần 1 có hai làn xe, hai dự án thành phần còn lại được đầu tư bốn làn xe hạn chế với vận tốc 80 km/giờ, giai đoạn hoàn chỉnh toàn tuyến là sáu làn xe.
Tuy nhiên, theo đơn vị nghiên cứu, ba dự án thành phần trên đều gặp một số khó khăn, đơn vị nghiên cứu đề xuất cần báo cáo Chính phủ xin cơ chế riêng cho tuyến cao tốc này.