Tại buổi làm việc, KTNN đã nêu ra hai bất cập khá phổ biến hiện nay qua kết quả kiểm toán 27 dự án BOT.
Một là trạm thu phí cho dự án nhưng đặt trên tuyến đường khác và không gắn với dự án, dẫn đến tình trạng người dân không đi trên đường được đầu tư bằng BOT nhưng vẫn phải trả phí cho nhà đầu tư. Thứ hai là khoảng cách giữa các trạm thu phí không đảm bảo tối thiểu 70 km nhưng đều được sự chấp thuận giữa Bộ GTVT, Bộ Tài chính và địa phương. Việc này làm cho mật độ trạm thu phí càng dày đặc thêm. Ngoài ra, có tình trạng cứ qua trạm là thu phí, không kể chiều dài đi được bao nhiêu. Việc này đã gây khó khăn cho người dân và doanh nghiệp tại địa phương hằng ngày phải di chuyển qua lại trạm thu phí, vì dù đi quãng đường rất ngắn nhưng lại trả phí như những xe đi quãng đường xa.
KTNN đề nghị cần phải quy định rõ ràng hơn về vị trí đặt các trạm thu phí đúng trên tuyến đường dự án thực hiện, khoảng cách giữa các trạm tối thiểu 70 km, đồng thời cần quy định mức thu phí với người dân địa phương nơi đặt trạm thu phí.
Trước thực trạng dự án BOT chủ yếu là chỉ định thầu, ông Dương Quốc Anh, Phó Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế, đặt vấn đề tại sao các dự án BOT chủ yếu chỉ định thầu trong khi chỉ định thầu mua sắm công rất khó khăn, khắt khe. “Tổ chức hội nghị nhiều khi cũng phải đấu thầu mà tại sao dự án lớn như thế lại chỉ định thầu” - ông Anh đặt câu hỏi và đề nghị phải qua đấu thầu công khai, minh bạch việc này.