Theo Báo cáo số 4681 ngày 13-10-2018 của UBND TP.HCM gửi Bộ Tư pháp về công tác thi hành án hành chính năm 2018 thì công tác này hiện nay ở TP gặp khó là do ba lý do:
Thứ nhất, một số đơn vị chưa nhận thức đầy đủ vị trí, vai trò, tầm quan trọng của Luật Tố tụng hành chính 2015 và Nghị định 71/2016 nên việc triển khai, phổ biến luật chưa đạt kết quả cao. Việc kiểm tra, đôn đốc và xử lý trách nhiệm của cơ quan cấp trên trực tiếp của người phải thi hành án đôi lúc chưa kịp thời, sâu sát. Vẫn còn trường hợp UBND quận, huyện không thông báo kết quả thi hành án hành chính cho cơ quan thi hành án dân sự và TAND đã xét xử sơ thẩm.
Thứ hai, một số bản án, quyết định của tòa tuyên không rõ. Nhiều bản án chỉ tuyên hủy một phần hoặc toàn bộ quyết định hành chính nhưng nội dung bản án cũng không thể hiện rõ quyết định hành chính đã được thực hiện trên thực tế hay chưa, không tuyên rõ nghĩa vụ của người phải thi hành án trong trường hợp quyết định hành chính bị hủy một phần hoặc toàn bộ. Điều này cũng gây khó khăn cho việc tổ chức thi hành án hành chính của các cơ quan, tổ chức cũng như công tác theo dõi án hành chính của cơ quan thi hành án dân sự.
Thứ ba, hầu hết bản án, quyết định về hành chính liên quan đến công tác bồi thường giải phóng mặt bằng. Sau khi tòa tuyên hủy một phần hoặc toàn bộ quyết định hành chính liên quan đến việc bồi thường giải phóng mặt bằng, các cơ quan chức năng phải thực hiện lại trình tự, thủ tục bồi thường giải phóng mặt bằng, tổ chức thương lượng, làm việc với người dân nên mất nhiều thời gian. Có trường hợp, UBND đã ban hành quyết định bồi thường mới nhưng người dân vẫn không đồng ý và tiếp tục khiếu nại kéo dài.