Theo hồ sơ, bà Yến giữ chức phó hiệu trưởng điều hành, chủ tịch HĐQT, chủ tài khoản và là người đại diện theo pháp luật của Trường THPT Phương Nam (hoạt động theo loại hình tư thục). Bên cạnh đó, bà Yến còn thành lập và giữ chức giám đốc Công ty TNHH Tư vấn Đầu tư Phát triển Giáo dục Đào tạo Phương Nam.
Quá trình hoạt động của trường, bà Yến không hề kê khai và nộp thuế đối với Nhà nước. Đến khi bị phát hiện, bà lý giải do thiếu hiểu biết về pháp luật thuế và trường chưa được cấp mã số thuế.
Bị cáo Yến tại tòa.
Năm 2007, Trường THPT Phương Nam được Cục Thuế TP Hà Nội cấp mã số thuế, đồng thời được yêu cầu phải lập sổ sách theo dõi mọi khoản thu, chi và nộp thuế đối với Nhà nước. Tuy nhiên, bà Yến tiếp tục chỉ đạo bộ phận kế toán, nhân viên của trường trốn tránh nghĩa vụ theo quy định.
Theo đó, từ năm 2007 đến 2010, Trường THPT Phương Nam đã cho hàng loạt cơ sở đào tạo trên địa bàn Hà Nội thuê mướn hội trường, lớp học và thu về số tiền hàng chục tỉ đồng. Thế nhưng cơ sở này không nộp bất cứ một khoản thuế nào.
Cơ quan điều tra xác định trong thời gian trên, cơ sở đào tạo tư thục của bà Yến đã trốn hơn 1 tỉ đồng tiền thuế đối với Nhà nước.
Trong giai đoạn điều tra cũng như tại tòa, cựu hiệu phó không thừa nhận hành vi trốn thuế mà liên tục đổ lỗi cho bộ phận kế toán của trường không hoàn thành nhiệm vụ. Tuy nhiên, HĐXX khẳng định có đủ cơ sở truy tố đối với bị cáo như trong cáo trạng nên đã tuyên mức án như trên.