Theo biên bản làm việc, tàu SE25 xuất phát ở Quảng Ngãi đi Sài Gòn lúc 14 giờ 50 phút ngày 25-6. Khi tàu đang di chuyển tới khu gian La Hai-Chí Thanh (Phú Yên), trưởng tàu Nguyễn Đình Quý nhận được một cuộc gọi thông báo cần giúp đỡ kịp thời một học sinh nam tên N.L.N.H. bỏ kỳ thi THPT, bỏ nhà lên tàu vào TP.HCM.
Kiểm tra trên hệ thống soát vé, trưởng tàu xác định đúng là hành khách có tên trên đang ở toa 1 tàu SE25. Trưởng tàu cùng các tiếp viên đã xuống gặp em học sinh này, đồng thời liên lạc với phụ huynh học sinh đang ở quê.
Qua trao đổi điện thoại, gia đình cho biết hiện em đang thi THPT nhưng đã rời đi trước kỳ thi. Bố mẹ đã chia nhau đi tìm mà không thấy con. Đến sáng 25-6, khi kỳ thi THPT diễn ra, gia đình lên địa điểm hỏi thăm cũng không thấy con tới dự thi.
Qua tìm hiểu gia đình mới biết con mình đang đi tàu SE25 vào TP.HCM nên rất lo lắng, nhờ trưởng tàu trông coi và đưa cháu tới ga Sài Gòn an toàn. Tổ tàu đã đưa em H. về phòng chỉ huy tàu nghỉ ngơi, trấn an tâm lý, đồng thời báo gia đình yên tâm. Tổ tàu động viên em gọi về cho bố mẹ yên tâm. H. cũng đã xin lỗi vì tự ý bỏ nhà đi, làm bố mẹ lo lắng.
Sáng 26-6, tàu SE25 đến ga Sài Gòn. Trưởng tàu đã dắt H. tới giao cho đại diện gia đình.