Đồng thời, Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị xử lý các tập thể, cá nhân có liên quan đến các sai phạm. Cụ thể, UBND tỉnh Quảng Ninh đã ra một số quyết định về ưu đãi, khuyến khích đầu tư cho các doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh không đúng, không phù hợp quy định của pháp luật. Trong đó có 15 dự án của doanh nghiệp trong nước được hưởng ưu đãi không đúng với số tiền hơn 3,6 tỉ đồng và tám dự án FDI hưởng ưu đãi không đúng gần 610.000 USD.
Đối với việc thực hiện nghĩa vụ tài chính về đất đai, Thanh tra Chính phủ phát hiện Quảng Ninh không tổ chức đấu giá 117 dự án khu đô thị, khu nhà ở theo quy định, vi phạm Luật Đất đai và các văn bản kèm theo dẫn đến thất thu ngân sách nhà nước.
Thanh tra Chính phủ đề nghị UBND tỉnh Quảng Ninh chỉ đạo Cục Thuế tỉnh thu tiền nợ đọng thuế nhiều khoản như tiền cho thuê đất, giao đất có thu tiền sử dụng đất, tiền đấu giá quyền sử dụng đất… lên đến hơn 861 tỉ đồng.
Tại kết luận thanh tra, Thanh tra Chính phủ xác định trách nhiệm thuộc về Thường trực UBND tỉnh Quảng Ninh, các sở/ngành liên quan. Đồng thời, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo UBND tỉnh tổ chức kiểm điểm nghiêm túc, làm rõ trách nhiệm để xử lý theo quy định của pháp luật đối với các tập thể, cá nhân có liên quan thời kỳ 2001-2010.