Theo báo cáo của các đơn vị quản lý đường cao tốc Nội Bài - Lào Cai, ngay từ khi tuyến cao tốc này được đưa vào vận hành đã tồn tại hàng chục điểm người dân tự ý cắt phá hàng rào kẽm gai, khung lưới B40… (có trường hợp còn lấy trộm) để làm lối ra vào đường cao tốc, vận chuyển hàng hóa, lập lán trại, mở hàng quán kinh doanh… ngay sát hành lang an toàn đường bộ.
Khi các hàng quán này được mở ra, phương tiện thường xuyên dừng đỗ trên đường cao tốc để ghé vào, tiềm ẩn nguy cơ mất an toàn giao thông, làm phức tạp thêm tình hình an ninh trật tự tại khu vực, gây khó khăn cho công tác quản lý, vận hành khai thác đường cao tốc.
Trên tuyến cũng còn tồn tại một số vị trí hộ lan tôn sóng chưa đóng được do người dân phản đối, không đồng tình với đơn giá bồi thường của địa phương. Như một số hộ lan tôn sóng tại địa phận xã Châu Quế Hạ, Châu Quế Thượng, huyện Văn Yên, Yên Bái… chưa đóng được, làm tăng mức độ thiệt hại nếu tai nạn, sự cố xảy ra.
Trong các ngày 15, 16 và 17-5, các đơn vị liên quan đã tổ chức tuyên truyền, vận động các hộ dân phá rào làm lối đi lại, mở hàng quán trái phép dọc tuyến cao tốc cho đóng các điểm mở tôn sóng tại địa bàn do tồn tại bởi dự án.