Ông Trần Quang Lâm, Giám đốc Sở GTVT TP, làm chủ tịch HĐTĐ; ông Nguyễn Văn Tám, Phó Giám đốc GTVT TP, làm phó chủ tịch thường trực. Thành viên HĐTĐ là đại diện của các sở/ngành,
Mỗi thành viên chịu trách nhiệm chính về nội dung thẩm định thuộc chuyên ngành, lĩnh vực do đơn vị mình quản lý. Trong đó, Sở GTVT được giao nhiệm vụ đại diện HĐTĐ để tổng hợp, báo cáo, trình UBND TP; đồng thời chịu trách nhiệm chính bảo đảm tiến độ, hiệu quả và chất lượng của các dự án. Sở Tư pháp có ý kiến thẩm định các vấn đề liên quan đến việc áp dụng pháp luật, quy định của các nhà tài trợ trong quá trình thực hiện dự án và các vấn đề khác có liên quan. UBND các quận/huyện có ý kiến thẩm định đối với các nội dung của dự án về các vấn đề liên quan đến phạm vi quản lý của địa phương; đặc biệt là các vấn đề về sự phù hợp quy hoạch xây dựng, quản lý đất đai, an ninh trật tự và tác động môi trường đến địa phương, vấn đề bồi thường, giải phóng mặt bằng... Ban Quản lý đường sắt đô thị có nhiệm vụ cung cấp đầy đủ hồ sơ, tài liệu có liên quan và thực hiện việc bổ sung, chỉnh sửa hoặc giải trình các vấn đề liên quan đến dự án trong quá trình thẩm định.
HĐTĐ được mời đại diện một số tổ chức, cá nhân có liên quan tham gia thẩm định, dự họp trong quá trình thực hiện thẩm định dự án. Chủ tịch HĐTĐ quyết định thành lập tổ giúp việc (gồm Sở GTVT và các sở/ngành, đơn vị cần thiết) để giúp hội đồng trong quá trình thực hiện nhiệm vụ. Kết thúc công tác thẩm định, hội đồng báo cáo kết quả thẩm định dự án theo đúng quy định. Hội đồng được phép yêu cầu chủ đầu tư, đơn vị tư vấn dự án và các đơn vị liên quan cung cấp hồ sơ, tài liệu và yêu cầu chỉnh sửa, bổ sung hoặc giải trình các vấn đề liên quan đến dự án trong quá trình thẩm định…