Theo đó, TLĐ cho biết để chuẩn bị cho việc thực hiện Luật Giáo dục ĐH (sửa đổi), trước đó Bộ GD&ĐT đã có công văn yêu cầu các trường ĐH rà soát, kiện toàn bộ máy nhân sự, kiện toàn hội đồng trường theo quy định của pháp luật.
Trên cơ sở các quy định của pháp luật hiện hành, đoàn chủ tịch TLĐ đã có văn bản ngày 7-5 chỉ đạo Trường ĐH Tôn Đức Thắng thực hiện đúng các quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước và các quy định của TLĐ.
TLĐ đề nghị Bộ GD&ĐT cho ý kiến cụ thể các nội dung chỉ đạo hội đồng trường và ban giám hiệu Trường ĐH Tôn Đức Thắng tại văn bản ngày 7-5 có phù hợp với các quy định của pháp luật hiện hành không; có vi phạm chỉ đạo của Bộ GD&ĐT không.
Bên cạnh đó, TLĐ đề nghị Bộ GD&ĐT xác định việc bổ nhiệm hiệu trưởng nhà trường có hay không thực hiện theo các quy định của Đảng và TLĐ. Khái niệm “quyền đại diện của chủ sở hữu” nên được hiểu thế nào. Cơ quan chủ quản thực hiện quyền của chủ sở hữu thông qua hội đồng trường bằng cách nào khi số lượng tham gia hội đồng trường chiếm tỉ lệ thấp, còn theo quy định hội đồng trường làm việc theo nguyên tắc tập thể, quyết định đa số.
TLĐ cũng nêu thắc mắc khái niệm “cơ quan quản lý có thẩm quyền” đối với trường hợp Trường ĐH Tôn Đức Thắng là cơ quan nào, hay chính là TLĐ. Trong quy chế tổ chức và hoạt động của trường có định danh rõ cơ quan quản lý là TLĐ được không.
Hiện vẫn chưa có câu trả lời từ phía Bộ GD&ĐT về những vấn đề mà TLĐ đã đặt ra.