Sau đây là bốn tác hại chính:
Tăng rủi ro béo phì. Thức ăn của gia súc gia cầm trong chăn nuôi công nghiệp luôn chứa kháng sinh liều thấp để làm chúng béo lên, và điều này cũng có thể xảy ra với người.
Có thể gây ra tiểu đường type 1. Kháng sinh tiêu diệt các vi khuẩn có lợi trong ruột do đó tổn hại nghiêm trọng đến hệ miễn dịch và tấn công tuyến tụy, ảnh hưởng đến tiến trình sản xuất insulin, gây ra tiểu đường.
Có thể gây hen suyễn. Kháng sinh sẽ tiêu diệt vi khuẩn H.pylori. Dù là vi khuẩn xấu nhưng H.pylori bảo vệ người khỏi bị hen suyễn.
Kháng kháng sinh là tác hại lớn nhất của kháng sinh và đã trở thành vấn nạn y tế toàn cầu.