Thời kỳ thanh tra là từ 1-1-2014 đến 31-12-2015, các vụ việc phát sinh trước hoặc sau thời kỳ thanh tra có liên quan đến nội dung thanh tra nếu xét thấy cần thiết vẫn thanh tra làm rõ để kết luận. Giám đốc Sở Y tế chỉ đạo báo cáo kết quả thanh tra, kết luận thanh tra và xử lý vi phạm (nếu có) đúng theo quy định của pháp luật.
Theo Sở Y tế TP.HCM, việc thanh tra là nhằm làm rõ việc đấu thầu mua dược liệu và vị thuốc y học cổ truyền giá cao gấp hàng chục lần bình thường nhưng kém chất lượng.
