Bộ GTVT cũng nhìn nhận việc triển khai thu phí tự động giai đoạn một do nhiều nguyên nhân khách quan nên việc triển khai dự án gặp nhiều khó khăn, vướng mắc. Trong đó vướng mắc lớn nhất hiện nay là doanh thu hoàn vốn cho dự án ETC không như dự kiến ban đầu do tiến độ ký hợp đồng dịch vụ, trích doanh thu còn chậm.
Bên cạnh đó, việc nhiều dự án BOT sụt giảm doanh thu so với phương án tài chính ban đầu cũng làm ảnh hưởng đến nguồn thu của dự án thu phí tự động không dừng.
Ngoài ra, số lượng phương tiện dán thẻ (e-tag) và nộp tiền vào tài khoản giao thông để tham gia dịch vụ thu phí tự động không dừng chưa cao (khoảng 800.000 thẻ/3,5 triệu phương tiện dán thẻ sử dụng dịch vụ ETC).
Nguyên nhân là do chủ phương tiện vẫn có thói quen sử dụng tiền mặt trong khi việc thanh toán, nộp và quản lý tài khoản giao thông chưa được thuận tiện cho người sử dụng dẫn đến chưa khuyến khích được người dân tham gia dịch vụ. Việc bắt buộc các phương tiện chưa dán thẻ không được đi qua làn thu phí tự động không dừng mặc dù đã được triển khai nhưng vẫn cần có lộ trình và chế tài để thực hiện.
Do gặp các khó khăn, vướng mắc như trên, nhà đầu tư dự án đã có các văn bản đề xuất dừng triển khai dự án để chuyển giao cho nhà đầu tư khác hoặc Nhà nước nhận lại dự án để tiếp tục thực hiện.
“Sau khi xem xét đề xuất của Công ty VETC, Bộ GTVT không đồng thuận giải pháp dừng triển khai dự án hoặc Nhà nước tiếp nhận lại dự án. Đồng thời yêu cầu Công ty VETC phải có trách nhiệm tiếp tục thực hiện hợp đồng đã ký kết với Bộ GTVT”. Bộ GTVT khẳng định và cho biết sẽ phối hợp với VETC và các cơ quan, đơn vị có liên quan từng bước tháo gỡ các khó khăn, vướng mắc với quyết tâm cao để hoàn thành dự án.