Các đơn vị trên cũng được giao tăng cường công tác quản lý hoạt động phát hành, sử dụng biên lai, hóa đơn thu phí, lệ phí... của các đơn vị thu phí, lệ phí (trong đó, có các đơn vị thu phí đường bộ hoàn vốn các dự án BOT) trên địa bàn quản lý. Cục Thuế các tỉnh xử lý theo thẩm quyền hoặc báo cáo cơ quan có thẩm quyền xử lý những trường hợp vi phạm trong hoạt động thu phí, lệ phí và kê khai nộp thuế, phí, lệ phí.
Theo Bộ Tài chính, thời gian qua Bộ nhận được phản ánh về những tồn tại trong hoạt động thu phí, lệ phí của các đơn vị thu phí, lệ phí. Cụ thể, thu phí nhưng không xuất biên lai (hoặc hóa đơn), thu tiền mức cao hơn số phí ghi trên biên lai, kê khai phí, lệ phí không đúng với số tiền phí, lệ phí thu được…
