Tuy nhiên, hiện nay quần thể di tích Châu Thới Sơn Tự đang bị xâm hại nghiêm trọng bởi nạn khai thác đá. Bên cạnh đó, vào những ngày lễ, tết do lượng khách tham quan vãn cảnh chùa và lễ Phật quá đông nên đã biến cảnh chùa thành chốn ngổn ngang, lộn xộn.
Đến Châu Thới Sơn Tự vào ngày đầu năm mới, mọi người có thể dễ dàng chứng kiến cảnh những người bán hàng rong, bán vé số, coi bói ngồi khắp dọc đường lên chùa và ngay cả trong khuôn viên chùa. Du khách thì xả rác bừa bãi với đủ loại rác như túi nylon, vỏ bánh kẹo, giấy… tràn ngập hai bên đường lên chùa và ngay ở xung quanh chùa.
Dưới đây là những hình ảnh mà PV đã nghi nhận lại tại Châu Thới Sơn Tự vào ngày 16-2:
Đường lên chùa được bày bán đủ thứ trông hết sức nhếch nhác.
Cây bên đường lên chùa bị khách cột dây nhựa kín mít để cầu may
Ăn xin án ngự ở đường lên chùa
Thầy lang dạo cũng tranh thủ đến hành nghề
Sân chùa bị những người bán chim phóng sinh và vé số chiếm dụng
Tại cổng chùa, du khách vứt rác ngổn ngang nhếch nhác gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng.
Một thầy bói (đội nón) hành nghề trên đường lên chùa.