Theo kết luận của tổ chức đảng nơi Thẩm phán Nguyễn Chí Văn công tác, hành vi của ông Văn vi phạm Điều lệ đảng, vi phạm luật tổ chức TAND, vi phạm quy tắc ứng xử của cán bộ ngành tòa án.
Sai phạm cụ thể đã được kết luận: Vào tháng 5-2015, ông Huỳnh Minh Hoàng, ở huyện U Minh có đơn tố cáo ông Văn và hai người khác là Q. và Đ. ở TP Cà Mau đã lấy 40 triệu đồng, hứa chạy án treo mà không chạy, còn tắt máy điện thoại trốn. Công an tỉnh Cà Mau thụ lý điều tra nhưng sau đó không khởi tố vụ án, do Q. và Đ. trả lại đủ tiền, ông Hoàng rút đơn tố cáo.
Đảng ủy TAND tỉnh Cà Mau xác định không đủ chứng cứ thể hiện ông Văn có liên quan đến số tiền 40 triệu đồng như đơn tố cáo. Tuy nhiên, ông Văn đã gặp ông Hoàng bốn lần, chỉ cách cho ông Hoàng làm các thủ tục để hoãn phiên tòa, nhằm kéo dài thời gian để tìm cách được hưởng án treo (trước đó, ông Hoàng bị TAND huyện U Minh phạt ba năm ba tháng tù giam về tội phá rừng).
Ông Văn còn bị kết luận không nhận thấy thiếu sót khuyết điểm, còn viết đơn yêu cầu, kiến nghị gửi nhiều cơ quan không có thẩm quyền giải quyết.
Từ đó ông bị kết luận đã vi phạm Điều 5, Điều 9 những điều đảng viên không được làm. Vi phạm Điều 2 khoản 2 về những điều cán bộ, công chức không được làm. Trên cơ sở đó, ông Văn đã bị xử lý kỷ luật khiển trách theo Điều 12 khoản 2 điểm d Quy định số 181-QĐ/TW của Bộ Chính trị.