Về một số vấn đề cụ thể của dự án Luật Tổ chức Chính phủ (sửa đổi), Chính phủ thống nhất định hướng quy định nghiên cứu, làm rõ nguyên tắc kiểm soát quyền lực giữa các cơ quan lập pháp, hành pháp và tư pháp. Trên cơ sở đó, xác định cụ thể các nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ trong mối quan hệ kiểm soát quyền lực đối với Quốc hội và Tòa án nhân dân để thể hiện đúng vị trí, chức năng cơ quan thực hiện quyền hành pháp. 

Cụ thể hóa ba chức năng và các nhiệm vụ, quyền hạn đã được Hiến pháp quy định thành các nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể của Chính phủ theo hướng nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ được quy định khái quát, bao quát các lĩnh vực đời sống kinh tế-xã hội của đất nước, cũng như trong các mối quan hệ với các thiết chế nhà nước khác, trong đó có nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ quản lý đối với tài sản thuộc sở hữu toàn dân.

Quán triệt quan điểm đẩy mạnh phân cấp, phân định thẩm quyền trung ương-địa phương trong quy định về nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ. 

Trên cơ sở cụ thể hóa các quy định của Hiến pháp và kế thừa Luật hiện hành, cần quy định cụ thể hơn các nhiệm vụ, quyền hạn của Thủ tướng Chính phủ với tư cách là người đứng đầu Chính phủ. Đồng thời, cụ thể hóa nhiệm vụ của Thủ tướng đã được Hiến pháp quy định là lãnh đạo và chịu trách nhiệm về hoạt động của hệ thống hành chính nhà nước từ trung ương đến địa phương, bảo đảm tính thống nhất và thông suốt của nền hành chính quốc gia.

Về dự án Luật Tổ chức chính quyền địa phương, Chính phủ thống nhất định hướng việc xây dựng dự án Luật phải quán triệt và thể hiện được tinh thần quy định của Hiến pháp là đổi mới căn bản mô hình tổ chức chính quyền địa phương phù hợp với đặc điểm của nông thôn, đô thị, hải đảo, đơn vị hành chính kinh tế - đặc biệt; bảo đảm sự gắn kết thống nhất chặt chẽ giữa Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân trong một thực thể chính quyền địa phương. Đẩy mạnh phân cấp, phân định thẩm quyền, tăng quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm, nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý của chính quyền địa phương và của từng cấp chính quyền địa phương trong việc quyết định các vấn đề của địa phương, bảo đảm sự quản lý thống nhất của trung ương, tính thông suốt của nền hành chính quốc gia.

Chính phủ cũng thống nhất nhận định, việc xây dựng, ban hành Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật lần này có ý nghĩa rất quan trọng, tạo khuôn khổ pháp lý để khắc phục những bất cập, hạn chế trong việc ban hành và tổ chức thi hành văn bản quy phạm pháp luật, thúc đẩy cải cách, đơn giản hóa hệ thống pháp luật, góp phần xây dựng, hoàn thiện Nhà nước pháp quyền xã hội chủ nghĩa, tạo động lực cho công cuộc đổi mới, phát triển và hội nhập của đất nước. 

Để bảo đảm chất lượng, tính khả thi, đáp ứng yêu cầu đổi mới, Chính phủ yêu cầu chỉnh lý, tiếp tục hoàn thiện dự án Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật theo hướng mở rộng phạm vi điều chỉnh, bao gồm cả vấn đề tổ chức thi hành pháp luật. Theo đó, có một chương riêng về tổ chức thi hành pháp luật trong dự thảo Luật.