Dự án có tổng chiều dài 5,36 km (riêng cầu cạn là 4,831 km), quy mô bốn làn xe, trên địa bàn hai quận Cầu Giấy và Bắc Từ Liêm với tổng mức đầu tư hơn 5.343 tỉ đồng.
Kết luận thanh tra chỉ ra nhiều vi phạm, sai sót từ hồ sơ pháp lý bước lập dự án đầu tư; công tác lập, thẩm tra, thẩm định, phê duyệt thiết kế kỹ thuật, dự toán gói thầu xây dựng; công tác lựa chọn nhà thầu, ký kết hợp đồng đến việc tuân thủ các quy định khi sử dụng nhà thầu nước ngoài.
Cụ thể, công tác lập, thẩm tra, thẩm định, phê duyệt dự toán gói thầu xây dựng còn một số sai sót làm tăng giá trị dự toán các gói thầu hơn 27 tỉ đồng. Trong đó, tính trùng hai lần cát đắp hố móng làm tăng hơn 1,4 tỉ đồng; áp sai giá nhân công làm tăng hơn 2,6 tỉ đồng; tính sai khối lượng phụ gia làm tăng hơn 2,4 tỉ đồng, tính thừa chi phí bulông thép D36 làm tăng hơn 1 tỉ đồng, áp định mức ván khuôn thép sai làm tăng hơn 3,8 tỉ đồng, áp giá nhựa đường cao hơn quy định làm tăng hơn 2,1 tỉ đồng… Dự án được phê duyệt vào đầu tháng 9-2013, thời gian thực hiện 56 tháng nhưng tại thời điểm thanh tra (tháng 3-2022), dự án đã bị chậm tiến độ gần ba tháng dù dự án được gia hạn tiến độ một lần.
Dự án có sử dụng các chuyên gia nước ngoài nhưng trong quá trình triển khai thực hiện, BQL dự án Thăng Long không thực hiện báo cáo cơ quan chủ quản theo quy định. Không có văn bản xác nhận chuyên gia nước ngoài và gửi văn bản xác nhận cho các cơ quan liên quan để thực hiện quản lý nhà nước theo quy định của pháp luật hiện hành và chịu trách nhiệm về sự xác nhận này.
Bên cạnh đó, nhiều nhà thầu nước ngoài không báo cáo định kỳ và khi hoàn thành hợp đồng gửi về Bộ Xây dựng về tình hình thực hiện hợp đồng đã ký kết. Các nhà thầu thi công (Công ty CP 412, Công ty CP 423, Công ty CP Licogi 12, Công ty TNHH Hải Ánh) chỉ mua bảo hiểm cho người lao động trên công trường với số tiền bảo hiểm 10-20 triệu đồng/người/vụ. Mức này thấp hơn so với mức tối thiểu 100 triệu đồng/người được quy định tại Nghị định 119/2015...
Với những sai phạm trên, Thanh tra Bộ Xây dựng đề nghị BQL dự án Thăng Long và các đơn vị liên quan thực hiện các thủ tục để phê duyệt điều chỉnh giảm dự toán xây dựng công trình hơn 27 tỉ đồng. Đề nghị Bộ GTVT kiểm điểm trách nhiệm theo thẩm quyền đối với các tổ chức, cá nhân có liên quan đến các vi phạm.
Riêng với BQL dự án Thăng Long, Thanh tra Bộ Xây dựng đề nghị kiểm điểm trách nhiệm theo thẩm quyền đối với các tổ chức, cá nhân có liên quan, đồng thời chỉ đạo kiểm tra, rà soát để xử lý, khắc phục những vi phạm.