Được xây dựng từ năm 2011, tuy nhiên, từ khi đưa vào khai thác hầm vượt sông Sài Gòn và toàn tuyến Đông – Tây đến nay đã 6 năm, trạm thu phí Thủ Thiêm vẫn chưa tổ chức thu phí đối với các phương tiện lưu thông qua đây.
Vào tháng 9-2012, Sở GTVT TP.HCM đã tổ chức cho thu phí thử nghiệm hầm Thủ Thiêm. Tuy nhiên, sau 1 tháng thu phí thử nghiệm, trạm thu phí này đã dừng hoạt động.
Đầu năm 2013, khi Quỹ Bảo trì đường bộ đi vào hoạt động, Thủ tướng Chính phủ đã giao Bộ GTVT xóa bỏ, dừng thu đối với các trạm thu phí sử dụng đường bộ nộp ngân sách Nhà nước và trả nợ vay để tránh tình trạng phí chồng phí. Trạm thu phí Thủ Thiêm nằm trên đại lộ Đông Tây được xây dựng dựa vào vốn vay ODA của chính phủ Nhật Bản cũng là đối tượng bị xóa bỏ.
Trạm thu phí cách cửa hầm Thủ Thiêm 340 m, hiện có 12 cabin với 10 làn thu phí được xây dựng hoành tráng, đầy đủ các thiết bị tiện nghi như máy tính, máy lạnh...
Cửa kính tại một cabin của trạm thu phí bị bể, hư hỏng.
Bên trong cabin thu phí có đầy đủ các thiết bị tiện nghi như máy tính, máy lạnh, quạt gió...
Hệ thống đèn tín hiệu và camera lắp đặt tại mỗi làn thu phí.
Do không hoạt động nhiều năm nên các thiết bị có dấu hiệu rỉ sét.
Thanh biển báo lâu ngày bị gãy nằm trên bồn cây.
Ô tô đi qua đây phóng tốc độ khá cao, dải phân cách trở thành vật cản trên đường.
Các thanh barie thu phí nằm bất động suốt mấy 6 năm trời.
Hệ thống camera được lắp đặt khắp nơi tại trạm thu phí.
Việc tháo dỡ trạm thu phí nhằm giải quyết tình trạng ùn tắc nghiêm trọng tại đầu hầm Thủ Thiêm vào giờ cao điểm. Trước đó, lực lượng chức năng đã cho tạm ngưng ô tô vào hầm, nhường làn cho xe máy.
